Ngày 8 tháng 5 năm 1963 xảy ra sự kiện Phật Đản tại Huế. Sự kiện này bắt nguồn từ một chỉ thị của chính phủ Ngô Đình Diệm siết chặt quy định cấm treo cờ tôn giáo tại nơi công cộng. Từ một vụ lộn xộn cảnh sát không cho treo cờ Phật giáo nhân ngày Phật Đản, lãnh đạo Phật giáo đã quyết định đấu tranh chống chính quyền đến cùng cho dù chính phủ Ngô Đình Diệm đã có nhiều cố gắng xoa dịu sự bất mãn của Phật giáo. Cho đến khi Hoà Thượng Thích Quảng Đức tự thiêu tại Sài Gòn phản đối chính sách đàn áp Phật giáo của chính phủ, rồi một loạt các cuộc tự thiêu khác của Phật tử, đã làm chấn động tình hình trong nước và quốc tế (Xem Sự kiện Phật Đản, 1963). Tình thế đã vượt khỏi tầm kiểm soát của chính phủ Việt Nam Cộng hoà.

Ngày 1 tháng 11 năm 1963 Quân lực Việt Nam Cộng Hòa, dưới sự chỉ huy của tướng Dương Văn Minh và sự im lặng không phản đối của Hoa Kỳ, đã làm đảo chính lật đổ và giết chết ba anh em Tổng thống Ngô Đình Diệm (ông Diệm và Nhu bị giết chết ngày 2 tháng 11 năm 1963; riêng ông Cẩn bị xử tử ngày 9 tháng 5 năm 1964). Sự kiện này được biết ở miền Nam với cái tên "Cách mạng 1/11".

Ngay sau đó Việt Nam Cộng hoà rơi vào khủng hoảng lãnh đạo trầm trọng trong một thời gian gần hai năm. Cho đến khi nhóm quân nhân của hai tướng Nguyễn Văn Thiệu và Nguyễn Cao Kỳ lên chấp chính thành lập Hội đồng lãnh đạo Quốc gia (tháng 6 năm 1965) thì tình hình mới tạm yên.

Lực lượng biệt động của Mặt trận Dân tộc Giải phóng liên tiếp tổ chức các cuộc tấn công, đánh bom tại Sài Gòn và trong các thành phố như vụ Đánh bom cư xá Brink 1964, đánh bom sứ quán Mỹ 1965.

Vào giữa năm 1965, với các thất bại liên tiếp trên chiến trường và tình hình chính trị rối loạn, chính phủ Hoa Kỳ quyết định hủy bỏ kế hoạch Staley-Taylor và đem quân chủ lực trực tiếp chiến đấu trên chiến trường miền Nam Việt Nam.